現在、私が運営している会社は関西に本店、関東に支店を登記していますが
事情があって、それを同時に移転登記しようと考えています。
具体的には、
関西の本店（A）を支店に変更し、
現在の関東の支店（B）とは別の場所（C）に本店を移す予定です。
簡単に言うと、支店側の業務拡大のため、
場所を借りて人を入れたので、そっちを本店にしてしまおうという話です。
実際に移転した後は、Bでは仕事をしないので、
現在支店登記されているBは消えることになります。
この移転登記、いくつか方法がありますが、
１．本店をCに移転して、支店BをAに移転する方法
２．本店をCに移転して、支店Bを廃止し、Aに新しく支店を設置する方法
上記のような考え方です。
１番で、最初に支店Bを本店住所Aに移し、その後、本店をCに移転する方法が
シンプルで登録免許税が安いパターンになるようです。
２番の場合、本店移転、支店閉鎖、支店開設と、それぞれ登録免許税がかかります。
法人の実態に合わせた変更をする必要があるので、
支店機能や本店機能が移転前と移転後でどのようになるのか？
つまり、これまでのBの仕事がAに移り、Aの本社機能が
Cに移動するのであれば、この手続き１番で問題なし。
これまでのB（支店）の仕事が次の本店に引き継がれ、
Aでは全く別の仕事をするのであれば、
２番の支店の廃止と新設という手続きが妥当ということになります。
業務や組織の実態と、今後の業務分担を見据えたうえで手続きをしないと
後で面倒なことになっては元も子もありませんね。